この度、念願叶いまして建売ではありますがマイホームを購入することになりました。幸い基礎部分しか出来ていなかったので、手抜きが無いことを祈りつつも自分で施工チェックを行っております。
　先日、営業より上棟が終わりましたとの連絡を受け、現場に足を運んだのですが、ナント基礎パッキンが入っていませんでした（売買契約時には、基礎パッキンを入れるとの話しがありました）。営業曰く、６月の建築基準法改正により基礎高を30ｃｍにしたところ、３階部分の屋根高が13ｃｍ程高くなってしまうので、１階部分の柱をプレカット時に13ｃｍ短くした（設計は今年２月、基礎高17ｃｍ）。その影響で１階の床を基礎よりも低くする必要がある為、基礎パッキンを入れても効果が得られない。代案としてベタ基礎に数ヵ所穴を開け、○菱電機のソーラー式床下換気扇を３台（我が家の１階床面積は40平米）を無料で取りつけるとのことでした（１階部分の天井高は２３０ｃｍと変わらないのですが、基礎よりも床を下げるという話は契約時に聞いていません）。

・折角のベタ基礎に穴を数ヵ所あけた場合、強度に問題は無いのか？　穴をあけてしまった場合、どのような補強が必要になるのか？　鉄筋を切った後の養生方法は？
・ソーラー式床下換気扇のメーカ保証後に交換を施工業者に求められるのか？
・土台よりも下への大引き・根太・束の施工による床・換気効率への影響は？
・契約時に施工方法の変更を告げなかった事に対してのペナルティーは問えるか？

　なんせ家作りに関してはド素人なので、心配で心配で夜も眠れません。ご回答の程、宜しくお願い致します。